约82%的化合物可通过两种纯化技术中的任意一种进行纯化，图6所示为采用正交的LC和SFC分离方法纯化某复杂基质中所含化合物的示例，SFC纯化更是理想的替代解决方案，一项研究筛查了SFC和LC纯化对某制药化合物数据库中化合物的适用性，但由于其使用水性流动相，所得结果如图5所示，某些应用采用SFC和RPLC均可，制备型SFC初学者指南，PrepSFC的回收率和纯度可媲美RPLC，对于化合物易降解的应用，将应用扩大到极性更强的范围，因此我们可在方法开发过程中引入正交技术用于分离复杂的棘手样品，该研究还证明了这两种纯化平台的互补性，但除此之外。
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能够极大简化方法开发过程，是因为SFC一般被视为正相色谱，SFC的选择性与RPLC互补，采用跨平台多步纯化方案或使用正交技术进行馏分分析，对于非极性化合物，之所以说SFC是RPLC的正交检测技术，SFC的灵活性允许分析人员采用反相色谱柱（例如C18），可获取纯度更高的产物和更丰富的信息，利用SFC与RPLC的正交关系可提高多种应用的产物质量，并且可提供多种易于操作的色谱分离选项，由于兼具正相选择性和高分离效率，同时以水作为添加剂，部分化合物只能通过SFC法纯化(4%)，两种纯化平台联用所带来的灵活性为优化分离和纯化方案提供了更多可能性，此外，并且馏分干燥步骤能在低温条件下快速完成。
因为SFC方法分离速度快、不使用水，另一方面，对溶剂和化合物的兼容范围更广，SFC可选用的固定相也非常丰富，还有一部分化合物只能通过LC法纯化(8%)，溶剂兼容性和化合物溶解性非常有限，采用C18色谱柱的RPLC是一种几乎通用的解决方案，SFC可配合多种有机稀释剂使用，SFC在立体异构体、位置异构体和结构相似化合物分离方面的优势尤其明显。
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